Preview

Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины

Расширенный поиск

Пилотное исследование изменения уровня piРНК в плазме и сыворотке крови у женщин на разных сроках физиологической беременности

https://doi.org/10.29001/2073-8552-2021-36-4-62-69

Полный текст:

Аннотация

Цель: провести исследование изменения уровня piРНК в плазме и сыворотке крови беременных женщин на разных сроках гестации.
Материал и методы. Проведено исследование 42 образцов плазмы и сыворотки крови, полученных от 7 женщин с физиологической одноплодной беременностью без акушерско-гинекологической патологии в трех временных точках (первая – 8–13, вторая – 18–25 и третья – 30–35 нед. беременности). Для оценки спектра и уровня piРНК методом NGS проведено полногеномное секвенирование малых РНК. Анализ данных секвенирования осуществлен с использованием веб-программы GeneGlobe Data Analysis Center. Дифференциальная экспрессия оценена с помощью пакета DESeq2 R package.
Результаты и обсуждение. Содержание piРНК среди всех малых РНК составило 2,29; 2,61 и 4,16% для плазмы и 7,29; 7,02 и 10,82% – для сыворотки в первом, втором и третьем триместре соответственно. От первого триместра к третьему в плазме крови увеличивается содержание следующих piРНК: piR 000765, piR 020326, piR 019825, piR 020497, piR 015026, piR 001312, piR 017716. Показано, что в сыворотке по сравнению с плазмой значительно больше piR 000765, piR 020326, piR 019825, piR 015026, piR 020497, piR 001312, piR 017716, piR 004153, тогда как в плазме – только одной молекулы – piR 018849.
Заключение. Данная пилотная работа создает определенный базис для понимания процессов экспрессии piРНК в плазме и сыворотке беременных женщин и может стать основой для поиска биомаркеров различных осложнений беременности.

Об авторах

А. С. Глотов
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта; Санкт-Петербургский государственный университет
Россия

 д-р биол. наук, руководитель отдела геномной медицины; заведующий лабораторией биобанкинга и геномной медицины

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 

 199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7 



П. Ю. Козюлина
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта% Всероссийский НИИ сельскохозяйственной микробиологии
Россия

 биолог; младший научный сотрудник 

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 

196608, Российская Федерация, Санкт-Петербург, Пушкин-8, шоссе Подбельского, 3



Е. С. Вашукова
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Россия

 научный сотрудник, лаборатория геномики и биоресурсных коллекций 

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 



Р. А. Илларионов
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта; Санкт-Петербургский государственный университет; Санкт-Петербургский государственный технологический институт (технический университет)
Россия

аспирант; специалист, РЦ «Центр Биобанк» Научного парка; младший научный сотрудник, лаборатория геномики и биоресурсных коллекций 

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 

 199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург, Университетская наб., 7 

190013, Российская Федерация, Санкт-Петербург, Московский пр., 26



Н. О. Юркина
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Россия

 младший научный сотрудник, лаборатория геномики и биоресурсных коллекций

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 



О. В. Пачулия
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Россия

врач акушер-гинеколог, научный сотрудник, лаборатория геномики и биоресурсных коллекций

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 



М. Г. Бутенко
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Россия

 клинический ординатор

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 



Т. Б. Постникова
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта; Родильный дом № 10
Россия

 врач акушер-гинеколог, женская консультация; младший научный сотрудник

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 

198259, Российская Федерация, Санкт-Петербург, ул. Тамбасова, 21



О. Н. Беспалова
Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Россия

 заместитель директора по научной работе

199034, Российская Федерация, Санкт-Петербург,  Менделеевская линия, 3 



Список литературы

1. Watson C.N., Belli A., Di Pietro V. Small non-coding RNAs: New class of biomarkers and potential therapeutic targets in neurodegenerative disease. Front. Genet. 2019;10:364. DOI: 10.3389/fgene.2019. 00364.

2. Guarino E., Delli Poggi C., Grieco G.E., Cenci V., Ceccarelli E., Crisci I. et al. Circulating мicroRNAs as biomarkers of gestational diabetes mellitus: Updates and perspectives. Int. J. Endocrinol. 2018;2018:6380463. DOI: 10.1155/2018/6380463.

3. Vashukova E.S., Glotov A.S., Fedotov P.V., Efimova O.A., Pakin V.S., Mozgovaya E.V. et al. Placental microRNA expression in pregnancies complicated by superimposed preeclampsia on chronic hypertension. Mol. Med. Rep. 2016;14(1):22–32. DOI: 10.3892/mmr.2016.5268.

4. Hromadnikova I., Kotlabova K., Ivankova K., Krofta L. First trimester screening of circulating C19MC microRNAs and the evaluation of their potential to predict the onset of preeclampsia and IUGR. PLoS One. 2017;12(2):e0171756. DOI: 10.1371/journal.pone.0171756.

5. Rayford K.J., Cooley A., Rumph J.T., Arun A., Rachakonda G., Villalt F. et al. piRNAs as modulators of disease pathogenesis. Int. J. Mol. Sci. 2021;22(5):2373. DOI: 10.3390/ijms22052373.

6. Jia S., Zhang Q., Wang Y., Wang Y., Liu D., He Y. et al. PIWI-interacting RNA sequencing profiles in maternal plasma-derived exosomes reveal novel non-invasive prenatal biomarkers for the early diagnosis of nonsyndromic cleft lip and palate. EBioMedicine. 2021;65:103253. DOI: 10.1016/j.ebiom.2021.103253.

7. Timofeeva A.V., Chagovets V.V., Drapkina Y.S., Makarova N.P., Kalinina E.A., Sukhikh G.T. Cell-free, embryo-specific sncRNA as a molecular biological bridge between patient fertility and IVF efficiency. Int. J. Mol. Sci. 2019;20(12):2912. DOI: 10.3390/ijms20122912.

8. Жарикова А.А., Миронов А.А. PiРНК: биология и биоинформатика. Молекулярная биология. 2016;50(1):80–88. DOI: 10.7868/S0026898416010225.

9. Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. 2014;15(12):550. DOI: 10.1186/s13059-014-0550-8.

10. Benjamini Y., Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society. Series B (Methodological). 1995;57(1):289–300. DOI: 10.2307/2346101.

11. Veneziano D., Nigita G., Ferro A. Computational approaches for the analysis of ncRNA through deep sequencing techniques. Front. Bioeng. Biotechnol. 2015;3:77. DOI: 10.3389/fbioe.2015.00077.

12. Yang X., Cheng Y., Lu Q., Wei J., Yang H., Gu M. Detection of stably expressed piRNAs in human blood. Int. J. Clin. Exp. Med. 2015;8(8):13353–13358.

13. Mompeón A., Ortega-Paz L., Vidal-Gómez X., Costa T.J. Disparate miRNA expression in serum and plasma of patients with acute myocardial infarction: a systematic and paired comparative analysis. Sci. Rep. 2020;10(1):5373. DOI: 10.1038/s41598-020-61507-z.

14. Илларионов Р.А., Косякова О.В., Вашукова Е.С., Юркина Н.О., Баклейчева М.О., Долгова Ю.С. и др. Особенности создания коллекции образцов беременных женщин на разных сроках гестации для поиска ранних биомаркеров преждевременных родов. Кардиоваскулярная терапия и профилактика. 2020;19(6):2708. DOI: 10.15829/1728-8800-2020-2708.

15. Krishnan P., Ghosh S., Wang B., Heyns M., Li D., Mackey J.R. et al. Genome-wide profi ling of transfer RNAs and their role as novel prognostic markers for breast cancer. Sci. Rep. 2016;6:32843. DOI: 10.1038/srep32843.

16. Wang A., Liu J., Zhuang X., Yu S., Zhu S., Liu Y. et al. Identifi cation and comparison of piRNA expression profi les of exosomes derived from human stem cells from the apical papilla and bone marrow mesenchymal stem cells. Stem Cells Dev. 2020;29(8):511–520. DOI: 10.1089/scd.2019.0277.

17. El-Mogy M., Lam B., Haj-Ahmad T.A., McGowan S., Yu D., Nosal L. et al. Diversity and signature of small RNA in diff erent bodily fl uids using next generation sequencing. BMC Genomics. 2018;19(1):408. DOI: 10.1186/s12864-018-4785-8.

18. Yuan T., Huang X., Woodcock M., Du M., Dittmar R., Wang Y. et al. Plasma extracellular RNA profi les in healthy and cancer patients. Sci. Rep. 2016;6:19413. DOI: 10.1038/srep19413.

19. Singh K.P., Maremanda K.P., Li D., Rahman I. Exosomal microRNAs are novel circulating biomarkers in cigarette, waterpipe smokers, E-cigarette users and dual smokers. BMC Med. Genomics. 2020;13(1):128. DOI: 10.1186/s12920-020-00748-3.

20. Timofeeva A., Drapkina Y., Fedorov I., Chagovets V., Makarova N., Shamina M. et al. Small noncoding RNA signatures for determining the developmental potential of an embryo at the morula stage. Int. J. Mol. Sci. 2020;21(24):9399. DOI: 10.3390/ijms21249399.


Рецензия

Для цитирования:


Глотов А.С., Козюлина П.Ю., Вашукова Е.С., Илларионов Р.А., Юркина Н.О., Пачулия О.В., Бутенко М.Г., Постникова Т.Б., Беспалова О.Н. Пилотное исследование изменения уровня piРНК в плазме и сыворотке крови у женщин на разных сроках физиологической беременности. Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. 2021;36(4):62-69. https://doi.org/10.29001/2073-8552-2021-36-4-62-69

For citation:


Glotov A.S., Kozyulina P.Yu., Vashukova E.S., Illarionov R.A., Yurkina N.O., Pachulia O.V., Butenko M.G., Postnikova T.B., Bespalova O.N. Pilot study of changes in the level of piRNA in plasma and serum in women at different stages of physiological pregnancy. The Siberian Journal of Clinical and Experimental Medicine. 2021;36(4):62-69. (In Russ.) https://doi.org/10.29001/2073-8552-2021-36-4-62-69

Просмотров: 51


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2713-2927 (Print)
ISSN 2713-265X (Online)